啤酒发酵后，大部分冷凝液会沉积在储罐底部，少量会悬浮在酒液中，在后期的保存过程中会从啤酒中析出，导致酒体浑浊。因此，啤酒在灌装前应进行过滤，过滤后的啤酒外观和口感都会有所改善，稳定性也会有所提高。已过滤并放入容器中的啤酒可能仍含有细菌，必须进行灭菌以延长其保质期，最常见的是巴氏杀菌和膜过滤（膜过滤如下所述）。
巴氏杀菌法由法国微生物学家路易斯巴斯德发明，是一种在不影响食品质量的情况下杀死微生物的方法。巴氏杀菌是将食品加热至68~70℃，保温30分钟，以杀灭食品中的致病菌和大部分非致病菌。啤酒厂采用隧道式巴氏杀菌机，将密封好的啤酒从隧道的一端缓慢输送到另一端。多次喷洒不同温度的水后，经过加热、保温、冷却三个阶段完成消毒。
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