小曲高粱酒酿酒所用的酒曲，大多是以将纯种根霉和酵母接种在麸皮，玉米粉等处理过的粮食上，这种方法生产的酒曲，由于菌种较为单一，功能指向性是糖化和发酵。
所以小曲高粱酒所用的酒曲，具有用量少、糖化发酵力强的特点，而小曲的用量，一般多为千分之二到千分之八，其出酒率可高达58%，但是正是由于这种酒曲，使其所酿的小曲原酒有着天生的“硬伤”。
一、接种的根霉和酵母产香能力弱，在发酵过程中不能更多的生成酸类和酯类，使原酒有香淡味短的特点。
二、由于这类酒曲生产工艺简单，很多生产条件不规整，生产手续不齐的商家，生产的酒曲容易感染杂菌，影响酒曲的质量，使得发酵异常、酒中带异杂味。所以气温升高时，小曲高粱酒要减少用曲量，酒曲中的酿酒微生物的活性与温度有关，温度越高活性越大。
当气温升高时（尤其是炎热的夏天），要通过减少用曲量，来调整因为温度和升高，而带来的发酵速度过快的影响，减缓发酵速度，控制发酵升温，从而减少苦杂味物质的生成，以及糟醅感染杂菌的机率，但是不能低于说明书的最低用量。
