巴氏杀菌后，由于啤酒在加热时膨胀，瓶子内部会产生相当大的压力。啤酒膨胀减少了充满二氧化碳的瓶颈空间，二氧化碳的压缩增加了瓶内的压力。当然，只能压缩气体，不能压缩液体。因此，这部分CO2具有重要的保护作用。
为减少巴氏杀菌过程中爆瓶的损失，啤酒灌装时必须严格控制啤酒液面高度，瓶颈的排空量不应小于瓶容的5%，否则会因压力过大而导致爆瓶。 -- 一般而言，巴氏杀菌过程的破损率应小于0.1%至0.2%。如果超过这个值，就要引起足够的重视，并立即采取措施。
一般来说，隧道式巴氏杀菌机也存在一定的问题。例如，当设备出现故障或其他原因停机时，如果不及时取出机器内的瓶子，啤酒杀菌机组可能会超出规定要求。过度的巴氏杀菌会给啤酒带来明显的“巴氏杀菌味”（类似于面包味），会大大降低啤酒的口感品质。
此外，隧道灭菌器占地面积大，能耗高。但在一些产品的生产中，它是必不可少的设备。为了提高其经济性，需要平衡杀菌单元、杀菌温度、出口温度和单位喷淋量等各参数之间的关系。既保证了可靠的产品质量，又有效的节能降耗，以最大限度地降低设备成本和运行成本，提高企业的经济效益。
