保健酒在净化处理工艺过程中，要比其他酒类要复杂得多，难度更大，更繁琐。各企业由于品种的不同，药材配伍的差异，在保健酒的处理工艺上也有不同的处理方法。
保健酒或药酒的有效成份有生物碱类、甙类、黄酮类、萜类、甾醇类、皂甙类、氨基酸、维生素等等，以及白酒中各种香味物质。保健酒或药酒，是靠两种不同极性的溶剂来溶解有效成份的。一种是极性微弱的乙醇。另一种是极性较强的水。无效成份主要有鞣质、蜡质、脂肪、胶体、淀粉、纤维素等等，以及白酒中高级脂肪酸乙酯。无效成份不仅影响酒的稳定性、保质期、酒体的纯净，而且还会影响酒的色泽、口感、香味。无效成份在酒液中呈现颗粒状、微粒状和大分子状。
常规的过滤设备，如硅藻土过滤机、微孔膜精滤机、可以将颗粒状，微粒状的物质除去，而肉眼看不到的大分子物质很难除去，因此，酒质不稳定，保质期短、口感差，易发生浑浊、沉淀，特别是低度的保健酒和药酒。由于酒精度低，醇溶性的物质溶解度相对降低。如生物碱类、甾醇、高级脂肪酸乙酯等。就会产生大分子物质，同时也使水溶性物质增加，如：多糖、淀粉、果胶等大分子物质、溶解于酒液中，常规的过滤设备很难除去这些大分子的物质，在外界条件的诱导下，如低温、货架期、大分子物质之间相互吸附，形成微粒，产生沉淀。
保健酒或药酒在净化后处理上，要比其它类的酒，要复杂，难度更大。当前只有冷冻法和超滤法最有效。冷冻法是将酒液置于低温下，如-10℃存放48小时。酒液中大分子物质在低温下溶解度降低，相互之间絮凝，形成微粒，并在低温下，通过常规的过滤机，就可以将它们除去。冷冻后的酒质、货架期、保质期，不会再发生浑浊沉淀。
超滤法是在常温下，酒液通过膜，将大分子微粒等物质一次性切割分离出来，大分子除去率在99.9%以上。滤后的酒体清澈透明，有光泽，浊度为零。货架期、或保质期不会再发生浑浊沉淀。本超滤机是动态，错流膜过滤。进入超滤机的酒液瞬间形成涡流、对流，使酒液中各种物质得到充分混合。然后通过纳米级的微孔，强制分子间进行缔合，例如，乙醇分子和水分子缔合，还会使酒液中醇、酸生成酯等作用。因此，超滤出来的酒，口感柔和，味道纯正、无水味、无杂味。有效成份不会减少。酒的综合品质有很大的提高。
保健酒或药酒出现保质期短，质量不稳定，适口性差，其主要原因是后处理净化的方法有不妥的地方。例如，使用吸附法和加入澄清剂絮凝法，会有一定的局限性，掌握不好就无法彻底解决浑浊沉淀问题，甚至还会使中的有效成分发生生物化变化，降低有效成份。
