在威士忌的生产中，有些水虽然不会与原材料或酒液直接接触，但占据了酒厂用水量的绝大部分。为了维持水源不致匮乏，通常使用后二次处理循环使用，包括：
a，热交换器的冷却水
由于酵母菌的工作环境需在摄氏35度以下，因此麦汁或谷物糊在送入发酵槽之前，必须先通过热交换机将温度从原本的摄氏60度下降到20度左右。而热交换机内使用的正是冷却水，蒸馏厂在实际操作时必须考虑加温降温的能源使用效率，做一个整体规划以节省能源成本。通常除了使用热交换机进行互相调配，苏格兰终年低温寒冷的环境也是一个天然的冷却剂，酒厂会将热水传入户外蓄水池来降温，有效的节约成本进行资源循环利用。
b，冷凝水
用于冷却刚刚蒸馏出来的低度酒或者新酒，由于冷凝的过程影响酒精蒸汽与铜冷凝管的接触时间，而铜又有去除硫化物的功能，因此冷凝水的温度高低除了影响冷凝的效率，同时也会影响蒸馏出来的酒液品质。因此在四季分明的苏格兰，通常夏季和冬季蒸馏出来的新酒风味有些许差异，这个差异就在于在不同季节温度下，对于冷凝水温度的管控误差。但若在终年气候一致的国家，不论是常年冷或热，则不会存在这个偏差。
c，锅炉用水
现在绝大部分的酒厂都在采用隔水蒸馏的方式。并非在下面用火直接烧蒸馏器，而是先将锅炉中的水加热，再将蒸汽导入蒸馏器中与原材料进行热交换。这部分水汽因在密闭空间中循环使用而不致耗损。
d，清洁用水
糖化槽、发酵槽、蒸馏器以及所有的相连接的管线必须定期清洁，以避免微生物感染，或者残留的水垢过多影响蒸馏效率和风味。清洗时不需要进行拆解，通常先以热水加氢氧化钠（苏打）制成碱性水消毒清洁，随后加入磷酸或硝酸制酸性水进行中和，最后加以洗涤剂、漂白剂、或其他消毒试剂进行去除残留微生物消毒，最终以大量的清水冲洗。酒厂非常重视这个清洁环节，因为若清洁不够彻底则一定会影响下次蒸馏出风味。这些水无法循环使用，酒厂必须依照环保法要求进行污水排放作业。
e，其他冷却用水
少数酒厂在蒸馏器的天鹅颈或林恩臂上加装的净化器需要冷凝水，也有酒厂如格兰冠「Glengrant」、大摩「Dalmore」、菲特凯恩「Fettercain」等直接在天鹅颈喷水冷却。这些水在经过收集后可以循环使用。另有少数酒厂的不锈钢发酵槽为双层结构，内部保持一定温度的水来控制所需的温度，这些水的用途亦可以归类于冷凝水，同时也可以循环利用。
驭凡教育表示，以上这些不与原材料直接接触的水不需要达到饮用水标准，可以直接饮用河水或者井水，但若水质过硬，依然有可能会在器皿或者管线内产生水垢，酒厂会测试这些水质，来决定是否需要增加过滤工序。
