新生代第三纪（Tertiaire）
距今四千多万年前，在新生代第三纪的渐新世（Oligocene），阿尔卑斯山的造山运动造成地表上升，海水再次逐渐消退，让原本陷落的勃艮第海底又慢慢露出海面。地表板块的挤压又将这片刚升起的侏罗纪岩层推向西面的中央山地。
岩质较为柔软的沉积岩碰上由硬质花岗岩构成的中央山地时，在交界处形成几道隆起的褶皱，最后挤压成南北向平行排列的山脉，推挤的过程中也形成了数道让岩层碎裂、山脉陷落的断层。
这片沉积岩山区最东面的第一道隆起山脉就是如今勃艮第的金丘、夏隆内丘及马贡内的前身。造山运动让地势升起，同时也让侵蚀的速度加快，风和雨水蚀刮山上的岩层将土壤和石块带到山下，在谷地形成堆积。金丘区的断层带造成的地层陷落也由碎裂的岩石和冲积物慢慢地堆出一片朝东的山坡。现在勃艮第接近山脚的许多葡萄园里，都堆积着这一时期冲刷下来的土壤和石块。
新生代第四纪（Quaternaire）
距今两万年前，进入新生代第四纪。气温降低，地球进入冰河时期。勃艮第因位于冰冻区的边缘地带，夏季短暂的融冰加上第四纪五次冰河期的大融冰，对当地的侏罗纪山坡进行大举侵蚀与冲刷，形成更为和缓的山坡，并在山坡上侵蚀出内凹的背斜谷，向外堆积成冲积扇，不只将山顶的岩石带往山下，也形成特殊的微气候。植物根系也对岩层产生侵蚀破坏作用，将岩层表面化为土壤，土壤也被冲刷到山下。第三纪与第四纪的堆积作用，累积形成了土壤深厚、肥沃平坦的布雷斯平原，今日勃艮第葡萄酒产区的大致面貌就在此时完成。
葡萄的根部可以向下扎得相当深，常达数米，不仅会穿过表土和底土，而且甚至可穿透岩层。研究葡萄园土质的重点不仅在于表土及底土，也在于对地下岩层的认识，毕竟土壤本身也是由岩层蜕变而成的。侏罗纪各时代的岩层虽然按照年代沉积下来，但勃艮第种植葡萄的区域刚好位于断层带上，因为板块挤压，岩层发生扭曲与倾斜，断层的错动更让两侧的岩层垂直位移，使得葡萄园内的地下土质错综复杂。
博恩丘的特级园蒙哈榭和歇瓦里耶-蒙哈榭就是最好的例子。一条南北向的断层横过这两个葡萄园的交界处，让下坡处蒙哈榭的岩层往下陷落成 CallovienH岩层，位居上坡的歇瓦里耶-蒙哈榭则相对向上抬升，出现较古老的巴通阶岩层。
土壤的形成
这个断层意外地让蒙哈榭葡萄园同时拥有夜丘和博恩丘的土质，形成相当复杂的组合。除了断层，历经上亿年的自然侵蚀，包括风雨、温差、酸碱变化及植物根部的作用等，岩石崩落，碎裂成小石块，一些较为脆弱的泥灰岩也转化为土壤，经年累月由雨水往山下冲刷，在岩层上慢慢堆积成土壤。
由于较大的岩块相对不容易被带到山下，所以上坡处通常坡度较陡峭，表土浅，石多土少，排水效果特佳，但无法蓄积水分，而且土地贫瘠，很难提供足够的养分。下坡处则刚好相反，汇集了来自山上各种不同岩层的土质与石块，坡度和缓，土壤较深，土质肥沃，不过结构黏密，排水效果稍差。
其实勃艮第大部分质量最好的葡萄园位于山坡中段，除了缘于气候因素，也是因为地质条件比较均衡。葡萄园土壤的多寡和地下岩层的质地有关。若为坚硬的石灰岩，则不仅土少而且很难让葡萄树根往下伸展。但若是泥灰岩，即使位于高坡处也有蓄水的功能，葡萄根也容易穿透岩层。
除了自然的力量，人为因素也让土壤产生了变化。
勃艮第的葡萄种植有近两千年的历史，已经让地貌产生了重大改变。单独种植同一种葡萄树，而且每公顷多达1万株，让土壤内的养分与矿物质逐渐枯竭。此外，许多葡萄农曾自山区搬运土壤，以改善葡萄园的种植条件。最出名的是在18世纪，冯内-侯马内村内的庄主 Philippe de Croonembourg自上夜丘山区搬运来四百辆牛车的红土以改善历史名园侯马内-康帝的土质。
不过，现在葡萄酒法规已经禁止这样的行为。重型机械也曾被用于给葡萄园整地。碎石机把坚硬的地下石灰岩层搅碎，加深土壤的深度，让原本土层浅且贫瘠的土地更适合种植葡萄。但是，这种方法现在也被禁止使用，以保持葡萄园原本的特性。
通过碎石机磨碎岩床，也可以改造成不错的葡萄园
这样的技术也曾用于辟建全新的葡萄园，在勃艮第的山丘上有许多地带因为岩层过于坚硬，甚至岩床外露，完全无法种植葡萄。这些地带多位于高坡处，除了土壤的问题，其他条件都算优异，通过碎石机磨碎岩床，也可以改造成不错的葡萄园，例如莫瑞-圣丹尼村的Rue de Vergy Chaumes des Narvaux等，甚至还包括一些一级园，如普里尼-蒙哈榭村的 Sous le Puits。无论如何，这些人工改造的葡萄园大多石多土少，需要更长的种植时间为土地带来更多的生命力，以营造均衡的土壤环境。
